Die starke Flexion des Eigennamens - 'des Werthers' - war zum Zeitpunkt der Erstveröffentlichung des Romans zwar noch üblich, kam in den nachfolgenden Jahrzehnten aber mehr und mehr außer Gebrauch. Schon in der Cottaischen Ausgabe von Goethes Schriften Bd. 11 (Tübingen 1808) wurde deshalb in der Vorrede von der "Geschichte des armen WertheR" gesprochen, während - vermutlich wegen eines Versehens - der Titel selbst auf "Leiden des jungen WertheRS" lautete. Für die Ausgabe, die Weygand 1825 zum fünfzigjährigen Jubiläum der Erstausgabe herausbrachte, wurde dann aber "Die Leiden des jungen WertheR" verwendet. In dieser Form hat den Titel auch die Sophienausgabe übernommen, obwohl die Ausgabe Letzter Hand (Cotta 1830) wiederum 'WertheRS' benutzt. Da Goethe in der Fassung von 1787 zudem auf den bestimmten Artikel verzichtete und der Titel nur "Leiden des jungen Werthers" lautete, kommen nebeneinander vor: "Die Leiden des jungen Werthers", "Leiden des jungen Werthers" und "Die Leiden des jungen Werther".

Darüber hinaus ist aus heutiger Sicht auffällig, dass Werther keinen Vornamen hat. Selbst im privatesten Gespräch mit Lotte wird er von ihr nur 'Werther' genannt, obwohl er seinerseits sie 'Lotte' nennt und auch Albert und Wilhelm nur mit Vornamen angeredet werden bzw. nur mit Vornamen vorkommen. Tatsächlich war jedoch gerade der Gebrauch der Vornamen - jedenfalls für Männer - damals unüblich, und zumal Goethe hat sich auch von engen Freunden nie anders als mit dem Zunamen anreden lassen. Auch hat er seine Briefe nie anders als mit G. oder Goethe unterzeichnet, nicht einmal die an Christiane Vulpius, die Mutter seines Sohnes und seine spätere Frau. Dass Albert und Wilhelm Vornamens-Personen sind, hat aber sicherlich weiter keine Bedeutung, sondern dient nur der bequemeren Merkbarkeit.

Der Name Werther stammt aus dem Niederrheinischen und ist nicht besonders selten. Er leitet sich von 'Werder'=Insel ab und kommt auch in den Formen Werth, Werthmann, Wertheim usw. vor.