Den Anstoß für "Effi Briest" gab nach Fontanes eigener Erklärung der Duell-Fall Ardenne, so wie er ihm 1888 von Emma Lessing erzählt worden war. An Friedrich Spielhagen schreibt er am 21. Februar 1896: Dass Frau Lessing auch wirklich seine erste Quelle war (und nicht schon das 1886 durch die Presse gegangene Ereignis selbst), bestätigt sich durch die Widmungsverse, mit denen er am 18. Oktober 1895 die Buchausgabe der "Effi Briest" an sie übersandte:

Fontanes Bekanntschaft mit den Ardennes reichte bis 1879 zurück, als er dem Ehepaar im Hause Lessing begegnet war, und 1880 hatte er für die "Vossische Zeitung" einen längeren Artikel über die Rathenower Zieten'schen Husaren verfasst (erschienen 11.-14. April 1880), für den ihm Ardennes militärhistorische Studie über dieses Regiment das Material geliefert hatte.

Trotz der insgesamt guten Stoffgrundlage zog sich die Arbeit an dem Roman dann aber ungewöhnlich lange hin. Nach mehreren verschiedenen Entwürfen, in denen die Hauptfigur zunächst Betty von Pervenitz hieß, begann das Werk erst im Sommer 1890 seine spätere Gestalt anzunehmen. An den Verleger Adolf Kröner schreibt Fontane am 28. Juli 1890: Von Anfang an sicher scheint sich Fontane allerdings der Gestalt seiner Hauptfigur gewesen zu sein, stand sie ihm doch als Typus schon vor Augen, bevor sich der Ardenne-Fall überhaupt ereignet hatte. An Hans Hertz schreibt er am 2. März 1895:

Bemerkenswert an dieser Auskunft ist, dass Fontane in Thale das letzte Mal im Sommer 1884 gewesen war, mithin die Begegnung mit der 'kleinen Methodistin' in eine Zeit fällt, als von dem Effi-Briest-Stoff noch gar nicht die Rede sein konnte. Jahre später mit diesem Stoff konfrontiert, scheint sich ihm dieser aber sofort mit der Gestalt dieses Mädchens verbunden zu haben. Mit anderen Worten: Er hat sich von Anfang an diesen Stoff weit mehr auf diese Figur hin zurechtgelegt als umgekehrt diese Figur aus dem Stoff, also dem realen Ardenne-Fall, übernommen oder entwickelt.

Fontanes Hoffnung, den Roman im Frühjahr 1891 abschließen zu können, erfüllte sich jedoch nicht. Erst musste "Unwiederbringlich" zu Ende gebracht werden, dann folgte 1891 die Fertigstellung der schon früher begonnenen "Frau Jenny Treibel", und schließlich nahm er auch noch die "Poggenpuhls" in Angriff. Erst im Frühjahr 1892 wandte er sich dem umfangreichen Manuskript wieder zu, musste aber wenig später die Arbeit daran und überhaupt alle Arbeit einstellen. Eine sich über Wochen hinziehende schwere Erkältung schwächte ihn so, dass ein längerer Erholungs-Aufenthalt im Riesengebirge beschlossen wurde, der aber eine Besserung auch nicht brachte. Schlafstörungen, Depressionen, Todesahnungen suchten ihn heim, auf alle, die ihn kannten, wirkte er um Jahre gealtert. "Ob unser geliebter Papa sich hier erholen wird, ist abzuwarten", schreibt seine Frau am 3. Juni 1892 an den Sohn Theodor, "wenn Du mich auf's Gewissen fragst, so muß ich antworten: ich glaube es nicht." (Unveröffentlichter Brief, Theodor-Fontane-Archiv Ba 1059). Ein Umzug ins Riesengebirge, auch eine Einweisung in eine Nervenheilanstalt wurden erwogen - der Schriftsteller und Dichter Theodor Fontane schien mit seinen 72 Jahren am Ende zu sein.

Nachdem man auf seinen Wunsch im September nach Berlin zurückgekehrt war, trat nach weiteren Wochen quälender Ungewissheit aber doch eine Besserung ein. Sein Berliner Arzt empfahl ihm, eine neue, leichte Arbeit in Angriff zu nehmen, und Fontane schrieb, sich rasch dabei erholend, "Meine Kinderjahre". Er dürfe sagen, notierte er für 1892 im Tagebuch, "mich an diesem Buch wieder gesund geschrieben zu haben. Ob es den Leuten gefallen wird, muß ich abwarten, mir selbst habe ich damit einen großen Dienst getan." Aber auch für "Effi Briest" ergab sich daraus eine Neubelebung. Mit der bis in die Einzelheiten des Milieus gehenden Kennzeichnung des Schauplatzes Kessin nach dem Vorbild von Swinemünde näherte er sich auch diesem Roman wieder an und konnte im Sommer 1893 den Fortschritt schon so bemessen, dass sich mit Julius Rodenberg für Ostern 1894 der Beginn des Vorabdruckes in der "Deutschen Rundschau" vereinbaren ließ. Zwar war dann auch dieser Termin nicht zu halten, aber im Mai wurde das Werk schließlich fertig und ging vom Oktober 1894 an in der 'Rundschau' in Druck.

Welche Schwierigkeiten im Einzelnen Fontane mit der Ausarbeitung hatte, ist nicht bekannt, das im Stadtmuseum Berlin erhaltene Manuskript stellt schon die Endfassung mit den Korrekturen für die Drucklegung dar. Aber auch hier gab es noch umfangreiche stilistische Eingriffe, wie an der letzten Seite der Handschrift zu sehen:

Seinen 75. Geburtstag im Dezember 1894 konnte Fontane dann aber in der Genugtuung begehen, ein großes, schwieriges Werk doch noch zu Ende gebracht zu haben und also für etwas ganz Aktuelles geehrt und gefeiert zu werden. Besonders die ihm verliehene Ehrendoktorwürde der Berliner Friedrich-Wilhelms-Universität war ihm dabei eine Freude.

Wer die Leser seiner Bücher waren - auch für die "Deutsche Rundschau" galt nichts anderes -, zeigten ihm die Glückwünsche zu diesem Geburtstag allerdings auch mit enttäuschender Deutlichkeit: nicht der von ihm vielfach besungene märkische Adel, sondern das deutsche Bürgertum und zumal gebildete Juden. Ein erst nach seinem Tod veröffentlichtes Gedicht aus diesem Anlass lautet:

Geschrieben hat Fontane "Effi Briest", wie an der deutlichen Kennzeichnung dieses Schauplatzes ja auch immer wieder zu sehen, mitten in Berlin. Seit 1872 wohnte er in der Potsdamer Straße 134c, dicht am Potsdamer Platz. Die hohe Hausnummer erklärt sich daraus, dass man damals in Berlin bei der Nummerierung rechtsseitig mit der Nummer 1 begann, die Grundstücke bis zum Ende der Straße aufwärts zählte und dann weiter in Gegenrichtung linksseitig wieder zum Anfang zurück. Die Potsdamer Straße reichte - wie noch heute - bis zum Kleist-Park (damals der Botanische Garten) und sah in jeder Richtung siebzig Hausnummern vor, endete also am Potsdamer Platz linksseitig mit der Nummer 140. Da jedoch schon um die Mitte des 19. Jahrhunderts die Grundstücke dichter bebaut wurden, vergab man zusätzliche Nummern mit Buchstaben wie 134c. Heute endet die Potsdamer Straße - bei der üblichen Zählung mit aufwärts rechts den geraden und links den ungeraden Nummern - bei der Nummer 220.

Der Zweite Weltkrieg ließ von der einstigen Bebauung und Anlage des Potsdamer Platzes nichts übrig, so dass heute auch die Straßenführung eine andere ist. Fontanes Haus lag an der heutigen 'Alten Potsdamer Straße', ziemlich genau an der Ecke, wo jetzt die Joseph-von-Eichendorff-Gasse abzweigt.